Paulaner fue fundada en 1634 en Múnich, Alemania, por los frailes Mínimos del claustro de Neudeck ob der Au.
El nombre de la cervecería tiene sus raíces en la Orden de los Mínimos (Paulaner Orden en alemán), una orden religiosa fundada por San Francisco de Paula en Neuhauser Straße, Múnich en el S. XVII. El logo actual de las cervezas Paulaner muestra un retrato del santo.
Los monjes del monasterio Neudeck ob der Au, situado en Múnich, elaboraban una cerveza, la Paulaner Salvator, conforme a la Ley de pureza de 1516.
Los monjes de la Orden de los Mínimos elaboraban para sí mismos su propia cerveza desde 1634. La cerveza Paulaner original, que los monjes ofrecían durante los días de fiesta, era una Bockbier, una variedad muy fuerte de cerveza que consiguió rápidamente una cierta notoriedad en los locales de Múnich.
Desde 1751, los monjes de Paulaner podían despachar cerveza de manera oficial el día del fundador de su orden. Como muestra de agradecimiento, invitaron al príncipe elector de Baviera a tomarse con ellos el primer trago de la Paulaner Salvator.
El 15 de septiembre de 2015 se sirve la primera cerveza en el distrito muniqués de Langwied, lo que marca la inauguración oficial de la nueva cervecera. En diciembre de 2016, la gestión de la empresa vuelve al antiguo edificio Zacherlbau, lo que también supone el regreso a la sede del distrito muniqués de Au.
Por primera vez en la historia, Paulaner exportó un millón de hectolitros al resto del mundo en 2016.
Hoy es una de las seis fábricas de cerveza que ofrecen cerveza para la Oktoberfest, la fiesta de la cerveza alemana que se celebra desde 1810.
